DSpace Colección :http://repositorio.udec.cl/jspui/handle/11594/71962024-03-28T12:18:55Z2024-03-28T12:18:55ZIdentificación y caracterización de un cangrejo araña (Decapoda, Majoidea) en la costa de la región del Biobío mediante análisis de rasgos morfológicos y DNA Barcoding.Mira San Martín, Diego Alonsohttp://repositorio.udec.cl/jspui/handle/11594/119102024-03-23T06:02:50Z2023-01-01T00:00:00ZTítulo : Identificación y caracterización de un cangrejo araña (Decapoda, Majoidea) en la costa de la región del Biobío mediante análisis de rasgos morfológicos y DNA Barcoding.
Autor : Mira San Martín, Diego Alonso
Resumen : Los cangrejos verdaderos o “true crabs”, pertenecientes a la Superfamilia Majoidea Samouelle, 1819, incluyen a los cangrejos araña que se encuentran ampliamente distribuidos en mares de todo el mundo. Estos cangrejos se caracterizan por su comportamiento decorativo, utilizando sus apéndices y boca para adornar su exoesqueleto y pereiópodos con elementos del entorno para camuflarse y para evitar depredadores. Algunos autores sugieren una revisión completa de la familia debido a confusiones taxonómicas, provocadas por variaciones morfológicos, especialmente en la presencia o ausencia de mechones de setas y tubérculos en el caparazón, influenciadas por el alga que habitan. Dentro de la Familia Epialtidae MacLeay, 1838, que forma parte de la Superfamilia Majoidea, se encuentran especies como Acanthonyx petiverii H. Milne Edwards, 1834 y Taliepus dentatus H. Milne Edwards, 1834, presentes en las costas del Pacifico, incluyendo Chile. A. petiverii ha sido registrado desde Baja California hasta Valparaíso, con variaciones morfológicas según el hábitat y las algas presentes. Estos cangrejos presentan una relación directa entre su comportamiento decorativo y el tipo de alga que habitan, alterando su coloración durante la muda para camuflarse. Por otro lado, T. dentatus se asocia con algas rojas en estados juveniles y prefiere algas pardas para la reproducción en su etapa adulta, mostrando diferencias morfológicas según su desarrollo. Se reporta la aparición de cangrejos arañas con patrones de mosaico, colores rojizos y cafés, camuflados entre algas Corallina sp. Además, se observan varias similitudes morfológicas con descripciones previas de la especie A. petiverii, como la disposición de setas en distintas regiones del caparazón y características específicas en sus dáctilos y propodio. La hipótesis principal de este estudio es que los cangrejos araña encontrados en Caleta Chome pertenecen a A. petiverii basándose en sus características morfológicas similares a esta especie y su asociación al alga Corallina sp. Se identificaron los ejemplares de cangrejo araña a través de análisis genéticos y morfológicos. Se extrajo el ADN de los especímenes y se amplificaron los genes COI y 16S para su análisis. Las secuencias obtenidas se compararon con datos disponibles en GenBank para A. petiverii, T. dentatus y otros individuos de la familia Epialtidae mediante arboles filogenéticos utilizando el método de máxima verosimilitud. Los resultados genéticos cuestionan la identificación precisa de los especímenes como A. petiverii, refutando la hipótesis inicial y diferenciando morfológicamente a los cangrejos araña de Caleta Chome como reclutas de T. dentatus en lugar de A. petiverii. Los resultados además refuerzan la importancia de ampliar las bases de datos moleculares para una mejor identificación de las especies relacionadas con el género Taliepus en Chile.
Descripción : Tesis presentada para optar al título de Biólogo Marino.2023-01-01T00:00:00ZCaracterización de bacterias de la microbiota del piojo de mar Caligus rogercresseyi y evaluación de su potencial inmunogénico en salmónidos.Muñoz Troncoso, Marcelo Felipehttp://repositorio.udec.cl/jspui/handle/11594/119052024-03-23T06:02:44Z2023-01-01T00:00:00ZTítulo : Caracterización de bacterias de la microbiota del piojo de mar Caligus rogercresseyi y evaluación de su potencial inmunogénico en salmónidos.
Autor : Muñoz Troncoso, Marcelo Felipe
Resumen : La acuicultura de salmónidos en Chile enfrenta diversos desafíos sanitarios para garantizar la sustentabilidad. Dentro de ellos se encuentra la caligidosis, enfermedad producida por el ectoparásito marino Caligus rogercresseyi, comúnmente llamado piojo de mar. Este copépodo se alimenta de piel y mucus de los salmónidos disminuyendo la supervivencia de los peces. Las principales formas de control radican en el uso de fármacos, que generan un impacto ambiental y pérdidas económicas en la industria. Gracias a la reciente secuenciación del genoma del parásito se logró determinar una diversa comunidad microbiana asociada a él, a la cual se le han sugerido funciones metabólicas esenciales para el desarrollo del piojo. Esto abre una oportunidad para la generación de un sistema de control de Caligus basado en la alteración de su microbiota. Estos mecanismos tienen como objetivo microorganismos o proteínas de la microbiota ligadas a la supervivencia del parásito. El objetivo de esta investigación fue caracterizar bacterias de la microbiota de C. rogercresseyi y evaluar su potencial inmunogénico en Salmo salar. Estas bacterias fueron inactivadas para la formulación de inyecciones que fueron administradas a salmones del Atlántico. Los resultados mostraron que tanto el mucus de piel como el plasma de peces inmunizados genera una disminución del crecimiento de estas mismas bacterias. Adicionalmente, se demostró tanto in vitro como in vivo que la estimulación con estas bacterias produce un aumento significativo en la expresión relativa de genes asociados a la respuesta inmune innata, adaptativa y a la homeostasis del hierro. Estos resultados establecen bases promisorias para el desarrollo de nuevas estrategias tanto para el control de la caligidosis como para comprender el rol de la microbiota en la interacción parasito-hospedero.
Descripción : Tesis presentada para optar al título de Ingeniero en Biotecnología Marina y Acuicultura.2023-01-01T00:00:00ZDiversidad y estructuración de metazoa en la fosa de atacama mediante análisis de ADN ambiental.Neira Pando, Cristóbal Alexishttp://repositorio.udec.cl/jspui/handle/11594/117902024-01-24T06:02:42Z2023-01-01T00:00:00ZTítulo : Diversidad y estructuración de metazoa en la fosa de atacama mediante análisis de ADN ambiental.
Autor : Neira Pando, Cristóbal Alexis
Resumen : Si bien el océano profundo es una de las zonas menos exploradas, las fosas oceánicas, aquellas que constituyen algunos de los ecosistemas más profundos de la Tierra caracterizados por ambientes extremos, lo son aún más. Nuestro estudio se enfoca en la estructuración de organismos metazoos en el océano profundo, explorando aspectos cruciales de la diversidad y la influencia de la profundidad en las comunidades marinas. Los metazoos que habitan la Fosa de Atacama presentan desafíos en su identificación debido a la limitada información disponible sobre ellos. Para superar estas limitaciones, se emplearon herramientas moleculares, utilizando fragmentos de ADN del gen ARN ribosómico de subunidad menor (18S). Este enfoque, conocido como eDNA-metabarcoding, permitió analizar muestras recolectadas en diversas estaciones y profundidades de la Fosa de Atacama, proporcionando datos sobre la composición comunitaria del metazoo en el océano profundo. Se observó que las comunidades de metazoos en las estaciones de muestreo en la Fosa de Atacama estaban principalmente compuestas por Nematoda, Arthropoda y Annelida. Sin embargo, se identificó homogeneidad en otros grupos, destacando el dominio de órdenes como Monhysterida y crustáceos de la clase Copepoda en abundancia. Por otra parte, se observó que la diversidad no mostraba una correlación significativa con factores como la profundidad o la presión hidrostática. De hecho, las estaciones con los índices de diversidad más altos fueron aquellas que presentaban una mayor variación en sus profundidades. Indicando más bien que otros fenómenos como la dispersión de individuos, podría ser quien tuvieran un mayor efecto en la diversidad del metazoo de la Fosa de Atacama, esto también se respalda en el hecho de que las estaciones con mayor diversidad sean la que se encuentra más cercana a la costa y aquella estación que se encuentra más cercana a zonas oceánicas. Además, se exhibieron las limitaciones del uso del gen 18S al intentar obtener clasificaciones taxonómicas más bajas, ya que el porcentaje de éxito disminuyó considerablemente, generando un gran número de ASVs no clasificados a nivel de Familia.; Although the deep ocean is one of the least explored areas, ocean trenches, those that constitute some of the deepest ecosystems on Earth characterized by extreme environments, are even more so.
Our study focuses on the structuring of metazoan organisms in the deep ocean, exploring crucial aspects of diversity and the influence of depth on marine communities. The metazoans that inhabit the Atacama Trench present challenges in their identification due to the limited information available about them. To overcome these limitations, molecular tools were used, using DNA fragments from the minor subunit (18S) ribosomal RNA gene. This approach, known as eDNA-metabarcoding, allowed us to analyze samples collected at various stations and depths in the Atacama Trench, providing data on the community composition of the metazoan in the deep ocean. It was observed that the metazoan communities at the sampling stations in the Atacama Trench were mainly composed of Nematoda, Arthropoda and Annelida. However, homogeneity was identified in other groups, highlighting the dominance of orders such as Monhysterida and crustaceans of the Copepoda class in abundance. On the other hand, it was evident that diversity was not strongly linked to factors such as depth or hydrostatic pressure, since the stations with greater diversity showed a greater contrast in terms of depth. Rather indicating other phenomena such as dispersion could be those that had a greater effect on the diversity of the metazoan of the Atacama Trench, this is also supported by the fact that the stations with the greatest diversity are those closest to the coast. and that station that is closest to oceanic areas. Furthermore, the limitations of using the 18S gene were exhibited when trying to obtain lower taxonomic classifications, since the success rate decreased considerably, generating a large number of ASVs not classified at the Family level.
Descripción : Tesis presentada para optar al título de Biólogo Marino.2023-01-01T00:00:00ZEfecto del gradiente oceanográfico zonal y vertical sobre la estructura comunitaria del zooplancton en el Pacífico Sur Oriental.Vergara Diaz, Maria Elisahttp://repositorio.udec.cl/jspui/handle/11594/117222024-01-11T06:02:39Z2023-01-01T00:00:00ZTítulo : Efecto del gradiente oceanográfico zonal y vertical sobre la estructura comunitaria del zooplancton en el Pacífico Sur Oriental.
Autor : Vergara Diaz, Maria Elisa
Resumen : El Pacífico Sur Oriental (PSO), caracterizado por su dinámica en la circulación y surgencia costera, exhibe una alta variabilidad hidrográfica en sus condiciones, tanto horizontal como verticalmente. Esta región es una de las más productivas del mundo. La temperatura, salinidad y clorofila-a son variables clave que reflejan la complejidad de las corrientes y la influencia climática. El zooplancton desempeña un papel esencial en el ecosistema marino, siendo un eslabón clave en la cadena alimentaria y contribuyendo significativamente al ciclo del carbono. En este grupo, el espectro de tamaño es una representación gráfica de la distribución de biomasa en diferentes clases de tamaño y es crucial para comprender la estructura y dinámica de las comunidades planctónicas. Este seminario evalúa los efectos de los gradientes zonales y verticales sobre la estructura comunitaria del zooplancton en el Pacifico Sur Subtropical, a través de muestras obtenidas en el crucero EPIC que se realizó en el verano del 2019 entre Caldera frente a Chile y Papeete. Para el análisis, se empleó el enfoque RAPID, utilizando imágenes digitalizadas del zooplancton usando el ZooScan Hydroptic. Se aplicó el programa ZooProcess para analizar los datos y se calculó la biomasa de clases de tamaño del zooplancton mediante una relación entre Carbono orgánico vs tamaño. Se estimó un índice de diversidad de tamaños mediante Shannon-Weaver, y un índice de tamaño de comunidad. Se generó un espectro de tamaño mediante el paquete “sizeSpectra” en R, y se realizaron diversos análisis estadísticos, como ANOVA, GLM, PERMANOVA y GAM, para examinar la biomasa, diversidad y tamaño de la comunidad en diferentes estratos y estaciones. También se exploró la asociación entre la pendiente del espectro y variables ambientales. El análisis multivariado y la formación de "clúster" se utilizaron para identificar relaciones de proximidad entre estratos y estaciones. En el gradiente zonal se obtuvieron diferencias significativas en la biomasa y en la diversidad, las pendientes se hacen más negativas y ocurre una disminución significativa en el tamaño de comunidad hacia la región oceánica. Para el gradiente vertical, no se evidencia un cambio significativo total, dependiendo la zona epipelágica y mesopelágica en las pendientes, pero si, un cambio en la diversidad y una disminución en el tamaño de la comunidad y en la biomasa. Las condiciones oceanográficas, reflejaron la complejidad del Pacifico Sur Subtropical indicando que la diversidad del zooplancton estuvo relacionada positivamente con la temperatura superficial del mar, y la zonación ecológica mostro cambios significativos desde la costa hacia la región oceánica.; The Eastern South Pacific (ESP), characterized by its circulation dynamics and coastal upwelling, exhibits a high hydrographic variability in its conditions, both horizontally and vertically. This region is one of the most productive of the world ocean. Temperature, salinity, and chlorophyll-a are key variables reflecting the complexity of currents and climatic influence in the ESP. The zooplankton plays an essential role in the marine ecosystem, acting as a key link in the food chain and contributing significantly to the carbon cycle. In this group, the size spectrum is a graphical representation of the biomass distribution across different size classes, which is crucial for understanding the structure and dynamics of planktonic communities. This seminar evaluates the effects of zonal and vertical gradients on the community structure of zooplankton in the Subtropical Southeast Pacific, using samples obtained during the EPIC cruise conducted in the Summer 2019 between Caldera (27° S) at the coast of Chile and Papeete, Tahiti. For the analysis, the RAPID approach was employed, using digitized images of zooplankton through the ZooScan Hydroptic. The ZooProcess program was applied to analyze the data, and zooplankton biomass was calculated using an Organic Carbon vs. Size relationship. A size diversity index was estimated using the Shannon-Weaver index, along with a community size index. A size spectrum was generated using the "sizeSpectra" package in R, and various statistical analyses, such as ANOVA, GLM, PERMANOVA, and GAM were performed to examine biomass, diversity, and community size across different strata and stations. The association between the spectrum slope and environmental variables was explored. Multivariate analysis and cluster formation were used to identify proximity relationships between strata and stations. In the zonal gradient, significant differences were observed in biomass and diversity, with slopes becoming more negative and a significant decrease in community size toward the oceanic region. For the vertical gradient, no overall significant change was evident, with the epipelagic and mesopelagic zones showing differences in slopes but changes in diversity and a decrease in community size and biomass. Oceanographic conditions reflected the complexity of the Subtropical South Pacific, indicating a positive relationship between zooplankton diversity and sea surface temperature, with ecological zonation showing significant changes from the coast to the oceanic region.
Descripción : Tesis presentada para optar al título de Bióloga Marina.2023-01-01T00:00:00Z