Efecto de variaciones de distancia entre elementos regulatorios en el ADN sobre la dinámica de remodelación nucleosomal.

Abstract

La dinámica de la cromatina es fundamental para la regulación de la expresión genética en organismos eucariontes y los complejos remodeladores de cromatina ATP-dependientes cumplen un importante rol en ésta. El complejo SWI/SNF de levadura fue el primero de ellos en ser caracterizado y posee diversas actividades de remodelación; entre ellas el desplazamiento en trans de los nucleosomas (nucleosome eviction), el cual está vinculado a activación transcripcional en muchos genes, desde levaduras a humanos. Nuestro laboratorio ha demostrado previamente que la actividad en el complejo SWI/SNF se ve estimulada cuando éste es reclutado hacia un nucleosoma por un factor de transcripción. El presente trabajo está enmarcado en el contexto de comprender los efectos que pequeños polimorfismos de inserción/deleción (INDELs) que aparezcan en los promotores de genes puedan tener sobre la actividad catalítica del complejo SWI/SNF de levaduras por medio de la alteración de la posición y/o fase rotacional que éste pueda adoptar sobre el ADN con respecto a un nucleosoma posicionado luego de ser reclutado por un factor de transcripción. Con este propósito se llevaron a cabo ensayos de remodelación de cromatina utilizando diferentes mononucleosomas reconstituidos in vitro, los cuales difieren en el número de pares de bases que se encuentran entre un octámero de histonas posicionado y un sitio de unión para el factor de transcripción Gal4. Se probaron 15 mononucleosomas distintos que poseían una distancia entre el octámero y el sitio de unión del factor de transcripción de entre 8 y 22 nucleótidos. Estos ensayos de remodelación fueron resueltos por medio de análisis electroforético en geles nodenaturantes. No fueron observadas diferencias en la unión de Gal4-VP16 ni en el reclutamiento del complejo SWI/SNF por este factor de transcripción a los diferentes probadores mononucleosomales. No obstante, al probar el grado de actividad de eviction del complejo mediado por Gal4-VP16 se observaron rangos de distancia con actividad máxima y mínima. Estos resultados podrían apuntar a un nuevo mecanismo ligado a la dinámica de cromatina en donde ADN, factores de transcripción y complejos remodeladores jugarían un rol combinado.