Identificación de blancos transcripcionales de sall2

Abstract

En esta tesis llevamos a cabo estudios de transcriptoma en un modelo “knockout” (KO) para Sall2 para comprender la respuesta transcripcional dependiente de Sall2 y disecar los correspondientes genes dependientes de este factor de transcripción. En el modelo utilizado se identificó una cohorte de genes altamente dependientes del fondo genético en donde se mantiene el modelo KO. En base a lo anterior y a la literatura existente, propusimos el uso de datos RNA-Seq como un método para determinar la introgresión genética en genes codificantes, incluyendo estrategias para descubrir variantes vinculadas al genotipo KO y la identificación de potenciales genes modificadores del fenotipo en los organismos genéticamente modificados (GEMs). Empleamos esta metodología en datos de ARN-Seq públicamente disponibles desde cinco modelos KO congénicos, incluyendo los datos experimentales de ARN-Seq de nuestro modelo en estudio Sall2 KO. Los métodos aplicados demostraron la introgresión del genoma de la célula madre embrionaria (ESC) derivada de la cepa endogámica “129” en gráficos de genoma completo, la detección del segmento embrionario que flanquea a la mutación en estudio (también conocido como huella congénica) y otras estrategias para la detección de loci de carácter cuantitativo de expresión (eQTL) como posibles genes modificadores de fenotipos. Como prueba de concepto, identificamos genes dependientes de SALL2 desde el transcriptoma derivado del KO para Sall2 y posteriormente validamos estos genes mediante PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR), incluyendo la validación cruzada con otros estudios. Demostramos la existencia de la huella congénica en el modelo e identificamos angiogenina (Ang) como un gen modificador de varios fenotipos que se producen en el KO para Sall2. Sin embargo, también identificamos a ANG como un blanco transcripcional de SALL2, conservado en células de ratón y humanas. En resumen, las estrategias presentadas son herramientas convenientes para evaluar el fondo genético, realizar la validación cruzada de genes diferencialmente expresados, identificar potenciales genes modificadores de fenotipos e interpretar los fenotipos derivados de estudios que empleen modelos genéticamente modificados.