Bello Toledo, Helia MagalyMorales León, Felipe EduardoMatus Köhler, Maximiliano Luis2025-10-162025-10-162025https://repositorio.udec.cl/handle/11594/13247Tesis presentada para optar al grado de Magíster en Ciencias, mención en Microbiología.La resistencia a los antimicrobianos (RAM) representa una amenaza creciente para la salud pública global, especialmente en bacterias Gram negativas como Klebsiella pneumoniae. Esta tesis aborda la epidemiología molecular de cepas clínicas de K. pneumoniae aisladas en hospitales de Chile, co-portadoras de genes que codifican metiltransferasas de ARNr 16S (16S-RMTasas) y carbapenemasas. Se analizaron 36 cepas co-portadoras de 16S-RMTasas y carbapenemasas mediante PCR convencional, ERIC-PCR y, secuenciación del genoma completo. La co-portación más prevalente fue rmtC junto con blaNDM-1. El análisis filogenético evidenció una diversidad de linajes en las cepas co portadoras, destacando el ST25 como el predominante en Chile y el ST258 en Sudamérica. Se identificaron plásmidos conjugativos tipo IncC co-portadores de rmtC y blaNDM-1, mientras que blaKPC-2 y blaVIM-2 no se encontraron co-portados en el mismo plásmido que rmtC y rmtD2, respectivamente. El gen blaVIM-2 se detectó en un plásmido del rep-cluster 435, sin grupo de incompatibilidad determinado. En total, se reconstruyeron 29 plásmidos putativos, lo que evidenció una amplia diversidad de plataformas genéticas. Estos resultados sugieren que la diseminación de genes de resistencia está mediada por múltiples elementos genéticos móviles, varios de ellos con capacidad de transferencia horizontal. La co-portación de 16S-RMTasas y carbapenemasas representa un desafío terapéutico significativo, especialmente en entornos hospitalarios. Este estudio contribuye al fortalecimiento de la vigilancia genómica y a la optimización de estrategias de control de K. pneumoniae multirresistente, mediante una caracterización epidemiológica y genómica.Antimicrobial resistance (AMR) represents a growing threat to global public health, especially in Gram-negative bacteria such as Klebsiella pneumoniae. This thesis addresses the molecular epidemiology of clinical strains of K. pneumoniae isolated in Chilean hospitals, co-carrying genes encoding 16S rRNA methyltransferases (16S-RMTases) and carbapenemases. Thirty-six strains co-carrying 16S-RMTases and carbapenemases were analyzed using conventional PCR, ERIC-PCR and whole genome sequencing. The most prevalent co-carriage was rmtC together with blaNDM-1. Phylogenetic analysis revealed a diversity of lineages in the co-carrying strains, with ST25 being the predominant one in Chile and ST258 in South America. IncC type conjugative plasmids co-carrying rmtC and blaNDM-1 were identified, while blaKPC-2 and blaVIM-2 were not found co-carried on the same plasmid as rmtC and rmtD2, respectively. The blaVIM-2 gene was detected in a rep-cluster 435 plasmid, with no determined incompatibility group. In total, 29 putative plasmids were reconstructed, revealing a wide diversity of genetic platforms. These results suggest that the spread of resistance genes is mediated by multiple mobile genetic elements, several of which have the capacity for horizontal transfer. The co-carriage of 16S-RMTases and carbapenemases represents a significant therapeutic challenge, especially in hospital settings. This study contributes to strengthening genomic surveillance and optimizing control strategies for multidrug-resistant K. pneumoniae through epidemiological and genomic characterization.esCC BY-NC-ND 4.0 DEED Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 InternationalBacterias gramnegativasFarmacorresistencia microbianaGenética bacterianaThesisBuena SALUD