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http://repositorio.udec.cl/jspui/handle/11594/6196
Título : | Análisis de transcriptoma en tejido reproductivo mediante secuenciación masiva : abalón rojo (Haliotis rufescens) como modelo de estudio. |
Autor : | Gallardo Escárate, Cristian; profesor guía Valenzuela Muñoz, Valentina Marjorie |
Palabras clave : | Invertebrados;Fisiología;Invertebrados;Diferencias Sexuales;Dimorfismo Sexual (Animales);Abulón Rojo;Fisiología |
Fecha de publicación : | 2011 |
Editorial : | Universidad de Concepción. |
Resumen : | En invertebrados marinos, los mecanismos genéticos involucrados en los procesos de determinación y diferenciación sexual han sido escasamente estudiados, debido a la variedad de estrategias reproductivas que presentan los diferentes taxa y la escasa cantidad de información genómica de estos. Las tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS) entregan nuevas posibilidades para el estudio de transcriptomas en especies no-modelo, al entregar gran cantidad de información sobre determinados procesos y funciones biológicas. El objetivo de este trabajo fue realizar una comparación del transcriptoma en tejido reproductivo de abalón rojo (H. rufescens) e identificar transcritos asociados a la determinación sexual mediante secuenciación masiva y análisis bioinformáticos. Para ello se realizó extracción de ARN desde tejido reproductivo de abalón rojo maduro, posterior a esto se realizó la síntesis de ADNc doble hebra y pirosecuenciación en la plataforma GS FLX (454 Roche). Se obtuvieron un total de 79.877 y 133.850 lecturas las que generaron un total de 11.374 y 42.529 secuencias EST para hembras y machos respectivamente. Las secuencias fueron anotadas a través de Gene Ontology, evidenciando un mayor porcentaje de transcritos en hembras asociados a procesos metabólicos, mientras que en machos se identificó mayor porcentaje de transcritos asociados a procesos de unión. También se identificó la fracción de transcrito diferencial entre machos y hembras utilizando un algoritmo programado en Matlab. Además del total de secuencias se identificaron un total de 4.538 marcadores moleculares tipo SNP y 5.969 EST-SRR. Del análisis de los datos se concluye que existe un 20% de transcritos únicos para cada sexo, de los cuales alrededor de un 50 % no se encuentran anotados. |
Descripción : | Tesis para optar al grado de Magister en Bioquímica y Bioinformática. |
URI : | http://repositorio.udec.cl/jspui/handle/11594/6196 |
metadata.dc.source.uri: | https://go.openathens.net/redirector/udec.cl?url=http://tesisencap.udec.cl/concepcion/valenzuela_m_v/index.html |
Aparece en las colecciones: | Departamento de Bioquímica y Biología Molecular - Tesis Magíster |
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