Caracterización de RNAs largos no codificantes (lncRNAs) en cepas de Caligus rogercresseyi mediante tecnologías de secuenciación y evaluación de la regulación transcripcional ante la exposición farmacológica.

Abstract

El piojo de mar Caligus rogercresseyi es un copépodo ectoparásito que afecta principalmente a especies de salmónidos. En la actualidad, los tratamientos farmacológicos corresponden a su principal mecanismo de control. Sin embargo, esto genera grandes pérdidas económicas para la industria, impactos ambientales, y desarrollo de resistencia a fármacos. En este contexto, conocer las respuestas moleculares del piojo de mar ante la exposición a estos fármacos puede contribuir al desarrollo de nuevas estrategias de control para Caligus. Estudios previos han vinculado estas respuestas con RNAs no codificantes como los long non-coding RNAs (lncRNAs), siendo moléculas clave en la regulación del transcriptoma al intervenir en diversos procesos biológicos como la respuesta inmune, reproducción, renovación celular y desarrollo, entre otros. El objetivo de este trabajo fue caracterizar lncRNAs utilizando tecnologías de secuenciación de reads cortos (Illumina) y largos (Nanopore), y evaluar su regulación transcripcional en cepas de C. rogercresseyi susceptibles y resistentes a la exposición de Azametifos, Deltametrina y Cipermetrina. Se caracterizaron nuevos lncRNAs con ambas tecnologías de secuenciación, además, se evidenciaron patrones de expresión específicos asociados a cada condición evaluada. El análisis de co-localización sugiere una asociación entre lncRNAs y funciones como regulación transcripcional, reparación de tejidos, respuesta toxicológica, entre otros. Se encontraron lncRNAs diferencialmente expresados en cada uno de los tratamientos farmacológicos, los cuales podrían ser testeados como nuevos marcadores de resistencia farmacológica. Los resultados además sugieren que los estudios previos de caracterización de lncRNAs mediante secuenciación illumina, podrían estar subestimando la cantidad de lncRNAs expresadas por el genoma. Debido a esto, el estudio del transcriptoma podría beneficiarse con la incorporación de tecnologías de secuenciación de última generación como nanopore, ampliando la identificación de RNAs codificantes/no codificantes, así como también su asociación con la respuesta a fármacos en Caligus. La información generada en este trabajo puede servir para el desarrollo de nuevos marcadores de resistencia basados en lncRNAs, así como también ayudar a comprender los mecanismos moleculares que pueden contribuir a la resistencia farmacológica en Caligus rogercresseyi.