Browsing by Author "Lillo Dapremont, Bastian Giovanni"
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Item Exploración conformacional de rGLUT5 mediante Dinámica Molecular de Grano Grueso y modelos de estados de Markov.(Universidad de Concepción, 2026) Lillo Dapremont, Bastian Giovanni; Salas Burgos, Alexis MarceloLas simulaciones de Dinámica Molecular (DM) permiten estudiar procesos biológicos a nivel atómico, pero su aplicación al análisis de transiciones conformacionales está limitada por el problema de muestreo, especialmente en proteínas transportadoras con barreras energéticas elevadas. Aunque los métodos fuera del equilibrio y de equilibrio sesgado permiten caracterizar rutas conformacionales, requieren potenciales externos y limitan la interpretación de la dinámica en equilibrio. En este trabajo se estudiaron las transiciones conformacionales del modelo de acceso alternante del transportador GLUT5 de Rattus norvegicus (rGLUT5) mediante simulaciones no sesgadas de Dinámica Molecular de Grano Grueso (DM-GG). Las trayectorias se analizaron mediante variables colectivas basadas en aperturas extracelular e intracelular, y se construyeron modelos de estados de Markov para cuantificar probabilidades de transición. Las simulaciones permitieron observar transiciones espontáneas entre estados adyacentes del ciclo conformacional. El análisis identificó seis microestados, con transiciones predominantes entre conformaciones exofaciales, ocluidas y endofaciales, pero sin conectividad completa entre los estados extremos. La extensión de las simulaciones y cambios en el integrador no mejoraron la exploración conformacional, indicando que la limitación es energética más que temporal en ausencia de sustrato. Además, la metodología desarrollada es transferible a otros transportadores y constituye una base para estudios futuros con sustrato explícito.