Browsing by Author "Madrid Becerra, Macarena Alejandra"

Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    Identificación de blancos moleculares para el tratamiento de alzheimer mediante interacciones proteína-proteína (ppi) y algoritmos de deep learning.
    (Universidad de Concepción, 2025) Madrid Becerra, Macarena Alejandra; Vidal Miranda, Mabel Angélica
    La enfermedad de Alzheimer (EA) carece de terapias capaces de detener o revertir su progresión, por lo que priorizar blancos moleculares a partir de redes de interacción proteína–proteína (PPI) resulta clave. Este trabajo tuvo por objetivo detectar módulos funcionales en una red PPI asociada a EA e integrar dicha estructura con anotaciones de Gene Ontology (GO) para proponer candidatos a blanco. Para ello, se desarrolló un pipeline basado en redes neuronales del tipo Graph Neural Network (GNN) aplicado a una red de 5,390 proteínas y 430,206 interacciones, anotada con 6,928 términos GO. La metodología consistió en la construcción de representaciones de nodos y aristas que permitieron entrenar un modelo basado en redes neuronales gráficas. Posteriormente, se generaron embeddings que fueron analizados mediante estrategias de reducción de dimensionalidad y agrupamiento, lo que posibilitó la identificación de módulos funcionales y su posterior caracterización biológica. En cuanto a los resultados, el modelo seleccionado alcanzó un AUC de 0.9596 en el conjunto de prueba y permitió la detección de 14 módulos funcionales (denominados clusters) consistentes. Adicionalmente, se calcularon métricas de conectividad intra- e interclúster junto con el Connectivity Score. A partir de estas métricas se identificaron las cinco proteínas con los valores más altos en cada cluster, conformando así el conjunto final de 145 proteínas priorizadas para su estudio posterior. En conclusión, el enfoque propuesto constituye una estrategia computacional para la integración de información topológica y funcional en redes PPI asociadas a la EA. Los hallazgos no sólo generan una lista priorizada de posibles blancos moleculares, sino que también establecen una base metodológica extensible a otras patologías, reforzando el potencial del aprendizaje profundo aplicado a problemas biológicos.
Síguenos en...