Browsing by Author "Rojas Escobar, Japhet Josue Caleb"

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    Evolución de elementos cis-regulatorios originados por elementos transponibles en los genomas de Xenopus tropicalis y Xenopus laevis.
    (Universidad de Concepción, 2026) Rojas Escobar, Japhet Josue Caleb; Marcellini Liotaud, Sylvain Guy Andre
    Los elementos transponibles (TEs) constituyen una fuente potencial de innovación regulatoria; sin embargo, la contribución de los transposones de ADN, particularmente de los elementos transponibles de repetición invertida en miniatura (MITEs), ha sido escasamente estudiada en vertebrados. Esta tesis investigó la dinámica de domesticación de TEs en regiones cis-regulatorias de Xenopus tropicalis (Xt) y Xenopus laevis (Xl), incluidos los subgenomas L (XlL) y S (XlS). Para ello, se integraron datos de ATAC-seq y ARN-seq de hígado, mesénquima y osteoblastos con anotaciones de secuencias repetitivas. Las regiones de cromatina accesible se clasificaron como promotores o elementos cis-regulatorios distales y se analizaron para identificar enriquecimientos locales de subfamilias de TEs. Posteriormente, se caracterizó evolutiva y funcionalmente el MITE Kolobok-N9_XT (KN9), asociado con promotores del clúster ubicuo. KN9 se encontró enriquecido en promotores ubicuos de ambas especies. El análisis de 141 promotores correspondientes a 60 genes permitió clasificar 101 casos como domesticaciones completas, 16 como estados intermedios en los que coexistían el promotor ancestral y el derivado de KN9, y 24 como casos en los que se conservaba únicamente el promotor original. La conservación de inserciones ortólogas y su agrupamiento filogenético respaldan que numerosos eventos de cooptación precedieron a la divergencia entre Xt y Xl. Las copias domesticadas conservaron principalmente el extremo 3′ de KN9, que contiene motivos putativos de unión para factores de transcripción de las familias ETS, SP/KLF y PBC/MEINOX, además de un motivo AGGT compatible con un sitio donador de empalme. La expresión de seis genes candidatos se evaluó mediante HCR. Los cinco genes con señal detectable presentaron una marcada convergencia hacia territorios neurales, aunque varios también mostraron una expresión más amplia. Finalmente, un fragmento de KN9 asociado con tmbim6 fue suficiente para dirigir la expresión de GFP nuclear en el encéfalo y el epitelio olfatorio de larvas transgénicas de Xl. En conjunto, estos resultados muestran que los TEs han contribuido al paisaje regulatorio de Xenopus mediante eventos ancestrales y específicos de linaje, y establecen a KN9 como un MITE cooptado con actividad promotora in vivo.
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