Browsing by Author "Guic Neira, Francisco Javier"
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Item Análisis de la comunidad bacteriana endófita en la embriogénesis somática de Pinus radiata.(Universidad de Concepción, 2025) Guic Neira, Francisco Javier; Hasbún Zaror, Rodrigo JorgeEl proyecto se centró en caracterizar la microbiota bacteriana de líneas embriogénicas somáticas de Pinus radiata mediante secuenciación de lecturas largas (Nanopore) del operón 16S–ITS–23S y análisis bioinformático con la base rEGEN. Primero, se optimizó un protocolo de extracción de ADN usando columnas y bloqueadores PNA, consiguiendo amplicones de alta integridad y mínima co-amplificación vegetal. A continuación, se compararon flujos wf metagenomics y un pipeline adaptado de RESCUE, seleccionando rEGEN por su balance entre calidad de mapeo y recuperación de diversidad. En la corrida completa, se identificó un microbioma núcleo de ~15–17 especies con prevalencia ≥ 95 %, dominado por Sphingomonas sanxanigenens, Kordiimonas spp. y Candidatus Liberibacter spp., cuyas funciones metabólicas, detoxificación de fenoles, síntesis de exopolisacáridos y producción de fitohormonas o sideróforos, sugieren un apoyo activo al desarrollo embrionario in vitro. Aunque no se hallaron diferencias significativas en diversidad alfa ni beta entre líneas de alta y baja maduración, el estudio establece una base metodológica y funcional para ensayos futuros de metagenómica shotgun, transcriptómica y de inoculación con consorcios microbianos que optimicen la embriogénesis somática en coníferas.