Análisis de la comunidad bacteriana endófita en la embriogénesis somática de Pinus radiata.
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Date
2025
Authors
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Publisher
Universidad de Concepción
Abstract
El proyecto se centró en caracterizar la microbiota bacteriana de líneas embriogénicas somáticas de Pinus radiata mediante secuenciación de lecturas largas (Nanopore) del operón 16S–ITS–23S y análisis bioinformático con la base rEGEN. Primero, se optimizó un protocolo de extracción de ADN usando columnas y bloqueadores PNA, consiguiendo amplicones de alta integridad y mínima co-amplificación vegetal. A continuación, se compararon flujos wf metagenomics y un pipeline adaptado de RESCUE, seleccionando rEGEN por su balance entre calidad de mapeo y recuperación de diversidad. En la corrida completa, se identificó un microbioma núcleo de ~15–17 especies con prevalencia ≥ 95 %, dominado por Sphingomonas sanxanigenens, Kordiimonas spp. y Candidatus Liberibacter spp., cuyas funciones metabólicas, detoxificación de fenoles, síntesis de exopolisacáridos y producción de fitohormonas o sideróforos, sugieren un apoyo activo al desarrollo embrionario in vitro. Aunque no se hallaron diferencias significativas en diversidad alfa ni beta entre líneas de alta y baja maduración, el estudio establece una base metodológica y funcional para ensayos futuros de metagenómica shotgun, transcriptómica y de inoculación con consorcios microbianos que optimicen la embriogénesis somática en coníferas.
Description
Tesis presentada para optar al grado de Magíster en Biotecnología Molecular.
Keywords
Pinus radiata, Genética vegetal, Desarrollo embrionario, Bacterias