Algoritmo de ranking para complejos de proteínas basado en características fisioquímicas.
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Date
2018
Authors
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Publisher
Universidad de Concepción.
Abstract
Identificar y describir la interacción entre proteínas es un problema ampliamente estudiado. Si un grupo de proteínas trabaja en conjunto es llamado complejo de proteínas (PC), y regularmente está asociado a una función específica. Existen herramientas computacionales que predicen complejos de proteína desde muchos enfoques. El resultado de estos predictores de complejos puede ser validado utilizando los Gold Standard Dataset (GSD), que son catálogos de referencia que incluyen información de proteínas experimentalmente aisladas, estudiadas y documentadas. De esta validación los resultados del predictor se clasifican como verdaderos positivos (VP) cuando están descritos en los GSD ó falsos positivos (FP) cuando no lo están. Un resultado del predictor clasificado como FP puede interpretarse como un complejo no descubierto o con poca documentación experimental, por ese motivo, los FP son un grupo interesante de estudio. El problema, es muy costosa la validación experimental de un complejo, por eso evaluar experimentalmente los FP debe planificarse y no hacerse aleatoriamente. Este trabajo propone un algoritmo de ranking para resultados FP basado en técnicas como el alineamiento estructural múltiple de proteínas (MPStrA) y el cálculo de índices fisicoquímicos de las proteínas. La función de orden del ranking busca dar el primer lugar de la lista al resultado FP que tenga más probabilidad de ser complejo, luego al segundo lugar más probabilidad que el tercero y así sucesivamente. Los resultados del algoritmo fueron exitosos al identificar resultados FP que fueron documentados como complejos posterior al año de la referencia de proteínas usada.
Description
Memoria para optar al título de Ingeniero Civil Informático.
Keywords
Algoritmos Computacionales, Proteínas, Industria, Innovación e Infraestructura, Bases de Datos