Asociación de profagos y genes de carbapenemasa en Acinetobacter baumannii resistente a carbapenémicos.
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Date
2023
Authors
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Publisher
Universidad de Concepción
Abstract
Acinetobacter baumannii es un cocobacilo gramnegativo, de la familia Moraxellaceae. Dadas sus cualidades oportunistas presenta una alta prevalencia en ambientes hospitalarios, particularmente en las Unidades de Cuidados intensivos (UCI), donde es considerada una de las bacterias con mayores índices de mortalidad de todo el mundo. Posee una gran capacidad para adquirir elementos genéticos móviles (EGMs) que portan genes de resistencia a antibióticos. Específicamente, A. baumannii resistente a carbapenémicos (ABRC) fue incluida en la lista de patógenos prioritarios de la Organización Mundial de la Salud (OMS), en el año 2017, debido a su capacidad de resistir la acción de la gran mayoría de los antibióticos disponibles, incluyendo a los carbapenémicos. El mecanismo de resistencia más relevante contra carbapenémicos en esta especie bacteriana es la hidrolisis enzimática. Y las enzimas con actividad contra carbapenémicos más frecuentemente descritas en cepas de ABRC, son las carbapenemasas de clase D (tipo OXA). Latinoamérica presenta los índices de resistencias a carbapenémicos más elevados a nivel mundial, por lo que ampliar el monitoreo epidemiológico en la región, así como en nuestro país, es de vital relevancia para la toma de medidas al respecto. Ahora bien, considerando que alrededor del 20% de los genomas bacterianos suelen provenir desde secuencias profágicas, y el creciente reporte de secuencias similares a fagos asociadas a eventos de movilización de genes, es fundamental incluir en este monitoreo el análisis del rol de los bacteriófagos en la diseminación de genes de resistencia. Actualmente, se conoce el rol de los plásmidos conjugativos en la movilización de genes que codifican carbapenemasas del tipo OXA, no así el de la transducción mediada por bacteriófagos, cuya participación es en gran medida desconocida para esta especie bacteriana. Debido a lo anterior, es que en este proyecto se buscará determinar la presencia de secuencias profágicas asociadas a genes de carbapenemasas tipo OXA en cepas de ABRC aisladas en Chile. Para ello, se obtendrán 100 muestras clínicas de A. baumannii, las cuales, serán sometidas a PCR para confirmar su pertenencia a la especie A. baumannii y la presencia de carbapenemasas adquiridas tipo OXA en su genoma. Luego, de aquellas cepas que presenten carbapenemasas se elegirán 20 para su secuenciación por las plataformas Illumina y Nanopore, y a través de los datos obtenidos de ellas, se pesquisarán profagos en los aislados a través del análisis bioinformático de las secuencias. Finalmente, se evaluará la asociación entre dichas estructuras (fagos y carbapenemasas tipo OXA). Los resultados generados proporcionarán información valiosa sobre el repertorio de profagos asociados a carbapenemasas tipo OXA en ABRC, lo cual, servirá como línea base para el entendimiento del potencial rol de la transducción mediada por fagos en la diseminación de estas enzimas en cepas recolectadas en hospitales de Chile.
Description
Tesis presentada para optar al título de Bioquímico/a.
Keywords
Profagos, Acinetobacter baumannii, Genes, Carbapenémicos