Dinámica de redes discretas con esquemas de actualización deterministas. Aplicación a las redes de regulación génica=Dynamics of discrete networks deterministic updates schedules. Application to genetic regulatory networks.
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Date
2015
Authors
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Publisher
Universidad de Concepción.
Abstract
Una red Booleana es un sistema de n variables Booleanas que interactúan y evolucionan,
en tiempo discreto, de acuerdo a una regla predefinida. Tienen aplicaciones en diversas áreas,
incluyendo la teoría de circuitos, ciencias de la computación y sistemas sociales (Green et al.,
2007; Tocci and Widmer, 2001). En particular, de los trabajos seminales de Kauffman (1969,
1993) y (Thomas, 1973; Schaefer, 1978), son usadas extensamente como modelos de redes
de regulación génica. A pesar de su simplicidad, ella proporcionan un modelo útil en el cual
diferentes fenómenos pueden ser reproducidos y estudiados, y de hecho, muchos modelos
regulatorios en la literatura biológica calzan en este marco (Huang, 1999; Shmulevich et al.,
2003; Fauré et al., 2006; Bornholdt, 2008). En este contexto, las redes Booleanas dan una
primera impresión de la dinámica cualitativa de una red de regulación génica representada
por la evolución temporal de los estados de las proteínas. Ellas son usadas para investigar los
principios organizacionales de una red y como ésta afecta a su robustez. La reconstrucción de
redes génicas regulatorias tiene varias ventajas, puesto que pueden representar efectivamente
fenómenos biológicos complejos reales (Albert and Othmer, 2003; Ciliberti et al., 2007; Abou-
Jaoudé et al., 2009, 2010; Chaves et al., 2010; Veliz-Cuba and Stigler, 2011). Mas aún, la
discretización a estados binarios simplifica los modelos obtenidos puesto que reduce el nivel
de ruido de los datos experimentales y también las simulaciones computacionales son fáciles
de manejar.
Description
Tesis para optar al grado de Doctor en Ciencias Aplicadas con mención en Ingeniería Matemática.
Keywords
Álgebra Booleana, Polinomios.