Comparación entre métodos de captura y método molecular con adn ambiental para detección de la presencia y abundancia de la lamprea de bolsa Geotria Australis.
| dc.contributor.advisor | Gomez-Uchida, Daniel | es |
| dc.contributor.advisor | Fernandes de Lima, Celia | es |
| dc.contributor.author | Durán Sepúlveda, Hugo David | es |
| dc.date.accessioned | 2024-10-24T18:47:23Z | |
| dc.date.available | 2024-10-24T18:47:23Z | |
| dc.date.issued | 2024 | |
| dc.description | Tesis presentada para optar al título de Ingeniero en Biotecnología y Acuicultura | es |
| dc.description.abstract | Las lampreas son vertebrados acuáticos sin mandíbula, de las cuales, en Chile sólo se han descrito 2 especies, ambas nativas, Geotria australis y Mordacia lapicida, la última siendo endémica de Chile. Por su parte, Geotria australis se distribuye además por Nueva Zelanda, Australia y Argentina, en dónde existe un “interés intermedio” para su conservación. El desarrollo de métodos moleculares con ADN ambiental (environmental DNA, eDNA) para detectar la presencia de organismos acuáticos poco abundantes, difíciles de monitorear mediante métodos tradicionales, se ha vuelto una herramienta clave en ecología. En este estudio se aplicó un diseño experimental basado en PCR cuantitativa o en tiempo real (qPCR) que incluyó una validación de partidores específicos ya establecidos para la especie y el diseño de una sonda de hidrólisis (TaqMan) para mejorar la especificidad. Se realizó captura de individuos mediante pesca eléctrica y recolección de muestras ambientales en dos cuencas de la región del Biobío, el río Andalién y río Carampangue, específicamente su tributario, el río Lia, con el objetivo correlacionar la abundancia medida con captura con la concentración de ADN ambiental en las muestras ambientales. En el río Lia, se capturaron varias especies de peces nativos, estando presentes en todas las estaciones de muestreo individuos del género Percilia, distintas especies de la familia Trichomycteridae e individuos larvales de Geotria australis, los cuales tuvieron la mayor abundancia relativa (captura por unidad de esfuerzo, CPUE). Se capturó un porcentaje muy bajo de Salmo trutta y Oncorhynchus mykiss, que son especies exóticas invasoras. En el río Andalién, se capturaron principalmente Galaxias maculatus e individuos larvales de la familia Trichomycteridae. Los resultados indican que no hubo una correlación significativa entre la abundancia relativa de las especies en las estaciones y la concentración de ADN ambiental calculada mediante qPCR. Se discuten las limitaciones de este estudio y la oportunidad de aplicar diseños experimentales que incorporen los avances recientes en la validación y estandarización de métodos moleculares para detectar especies. | es |
| dc.description.abstract | Lampreys are jawless aquatic vertebrates, of which only two of them have been described as native species in Chile: Geotria australis and Mordacia lapicida, the latter being endemic to Chile. Geotria australis is also distributed in New Zealand, Australia and Argentina, where there is “medium” global interest in its conservation. The development of molecular methods using environmental DNA (eDNA) to detect the presence of rare aquatic organisms that are difficult to study through traditional capture methods has become a key tool in ecology. This study implemented an experimental design based on quantitative real-time PCR (qPCR), which included the validation of species-specific primers already established for Geotria australis and the design of a hydrolysis probe (TaqMan) to improve specificity of the assay. Individuals were captured using electrofishing, and environmental samples were collected from two basins in the Biobío region, the Andalién River and the Carampangue River, specifically its tributary, the Lia River. The objective was to correlate the abundance estimated through capture with the concentration of eDNA in environmental samples. In the Lia River, several native fish species were captured, individuals of the genus Percilia, some species of the family Trichomycteridae, and larval stages of Geotria australis being present at all sampling stations. There, Geotria australis showed the highest relative abundance (catch per unit effort, CPUE). A very low percentage of Salmo trutta and Oncorhynchus mykiss, both invasive exotic species, was recorded. In the Andalién River, the captures mainly included Galaxias maculatus and larval stages of the Trichomycteridae individuals. The results indicate that there was no significant correlation between the relative abundance of the species at the sampling stations and the concentration of eDNA measured by qPCR. The study discusses its own limitations and the opportunity to apply experimental designs that incorporate recent advances in the validation and standardization of molecular methods for species detection. | en |
| dc.description.campus | Concepción | es |
| dc.description.departamento | Departamento de Zoología | es |
| dc.description.facultad | Facultad de Ciencias Naturales y Oceanográficas | es |
| dc.description.sponsorship | ANID, Núcleo Milenio INVASAL NCN 2021-056 | es |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.udec.cl/handle/11594/5759 | |
| dc.language.iso | es | es |
| dc.publisher | Universidad de Concepción | es |
| dc.rights | CC BY-NC-ND 4.0 DEED Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 International | en |
| dc.rights.uri | https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | en |
| dc.subject | Lampreas | es |
| dc.subject | Muestreo | es |
| dc.title | Comparación entre métodos de captura y método molecular con adn ambiental para detección de la presencia y abundancia de la lamprea de bolsa Geotria Australis. | es |
| dc.type | Thesis | en |