Tesis Doctorado

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Browsing Tesis Doctorado by Author "Amigo Bastías, Roberto Antonio"

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    Influencia de secuencias de ADN en procesos activos que determinan el posicionamiento nucleosomal.
    (Universidad de Concepción, 2023) Amigo Bastías, Roberto Antonio; Gutiérrez Contreras, José Leonardo
    La posición de los nucleosomas tiene un gran impacto en procesos celulares que involucran interacción proteína-ADN, como es el caso de la replicación, reparación y transcripción. En Saccharomyces cerevisiae los promotores de genes se encuentran enriquecidos en secuencias homopoliméricas de ADN denominados tractos poli (dA:dT), las cuales se relacionan con la presencia de regiones libres de nucleosomas (NDRs). En otros organismos, como ratón y humano, la presencia de tractos poli (dA:dT) es menor y su distribución es más amplia; sin embargo, mantienen su capacidad de excluir nucleosomas, lo que podría significar que existen mecanismos comunes que se han conservado durante la evolución. ¿Cómo se forman y mantienen los NDRs? Estudios a nivel de genoma completo han determinado que los complejos remodeladores de cromatina dependientes de ATP juegan un papel clave en este fenómeno, donde existen complejos denominados “despejadores”, que abren y forman los NDRs, y complejos denominados “cubridores”, que cierran los NDRs. Además, otros estudios han encontrado una relación entre la acción de los complejos remodeladores de cromatina dependientes de ATP y la presencia de los tractos poli (dA:dT), donde la acción de factores de transcripción también estaría implicada. Sin embargo, aún se desconocen los mecanismos moleculares de la comunicación que existe entre los diferentes elementos que se encuentran en los NDRs. Por este motivo, en el presente trabajo buscamos determinar la influencia de los tractos poli (dA:dT) sobre la actividad remodeladora de nucleosomas de los complejos ISW1a, RSC y ySWI/SNF, los cuales cumplen diferentes roles en la mantención de los NDRs. Además, estudiamos cómo factores de transcripción pueden influir en la dinámica entre estas secuencias y los complejos estudiados. Para llevar a cabo nuestro estudio, usamos sondasmononucleoso-males reconstituidas in vitro que poseían diferentes configuraciones de los tractos poli (dA:dT), con las que se ejecutaron ensayos de remodelación analizando la acción de los complejos purificados. En nuestros resultados hallamos que estas secuencias pueden afectar de manera directa varios aspectos de la acción de estos complejos, como: la unión al nucleosoma, la intensidad de la actividad de remodelación y la dirección en que ejecutan ésta. Además, observamos que la orientación de los tractos poli (dA:dT) afecta diferencialmente a los complejos remodeladores de cromatina estudiados. Por otro lado, encontramos que los factores de transcripción podrían ejercer efectos diferenciales sobre ISW1a y RSC. Estos resultados realzan la importancia y el impacto que tienen los tractos poli (dA:dT) en el posicionamiento nucleosomal y ayudan a dilucidar los mecanismos mediante los cuales estas secuencias ejercen sus efectos.
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